Si eres usuario de LMDE y no usas los repositorios oficiales para esta distro, es aconsejable que actualices siempre usando Update Manager (Gestor de Actualizaciones) y no Synaptic o Apt.
Yo por ejemplo a pesar de usar LMDE utilizo los repositorios oficiales de Debian Testing y como es lógico, hay paquetes que pueden entrar en conflicto, como por ejemplo VLC. La diferencia entre el Gestor de Actualizaciones y Synaptic, es que el primero nunca te mostrará ninguna actualización para aquellos paquetes que entren en conflicto con otros que ya están instalados.
Es por ello que mi consejo es que siempre usen El Gestor de Actualizaciones para actualizar el sistema si no quieren cuelgues o problemas inesperados 