Una de las novedades que incluyó Gnome Shell en su interfaz es que, cuando una aplicación llama a una ventana emergente (ejemplo el diálogo de Guardar), la misma aparece pegada en la parte superior de la ventana que la originó, como podemos apreciar en las siguientes imágenes:
Por suerte, podemos volver a hacer que estas ventanas aparezcan apartes, por lo menos en el caso de Cinnamon, pues por lo menos a mi no me gusta mucho como se ven, aunque no deja de ser un método interesante.
¿Cómo lo hacemos?
Sencillo, primero que todo debemos cerciorarnos de que tenemos instalado el paquete gconf-editor (en LMDE ya viene instalado), y si no está lo instalamos:
$ sudo aptitude install gconf-editor
Luego lo ejecutamos con Alt+F2 escribiendo gconf-editor. Una vez abierta esta aplicación, vamos a desktop » cinnamon » windows como se ve en la siguiente imagen y desmarcamos la opción attach_modal_dialogs.
Luego cerramos la sesión, nos volvemos a loguear y listo.