Proyectos de Computación en Malla con Software Libre contra el COVID-19

Proyectos de Computación en Malla con Software Libre contra el COVID-19

Proyectos de Computación en Malla con Software Libre contra el COVID-19

Como ya muchos saben, alrededor del mundo hay actualmente muchos Proyectos de Computación en malla, de los cuales algunos estan basados en Software Libre y Código Abierto. Y de los cuales, muchos tienen fines científicos, sobre todo médicos, tales como Folding@home y Rosetta@home.

Por lo que, desde hace mucho tiempo, la mayoría de los Proyectos de Computación en Malla (Grid Computing), es decir, aquellos que hacen uso de recursos informáticos organizacionales, públicos o privados, y los Proyectos de Computación Voluntaria (Voluntary Computing), es decir, aquellos que hacen uso de cotidianos dispositivos de consumo masivo, aprovechan el uso de aplicaciones virtualizadas, paralelas y basadas en GPU, principalmente en beneficio de la Humanidad.

Proyectos de Computación en Malla: Introducción

Por ejemplo y como referencia, podemos mencionar una conocida iniciativa de Computación en Malla de Código Abierto, de la que publicamos hace más de 6 meses, llamada BOINC, de la cual escribimos y vale la pena citar lo siguiente:

BOINC es un software creado, alojado y patrocinado por la Universidad de California, en Berkeley, desde el año 2002, con financiación principalmente de la Fundación Nacional de Ciencia de EEUU. Por lo que, su sitio web oficial está alojado en su dominio. Lo cual a permitido que el software, su código fuente, su documentación y desarrollo sea accesible a toda la comunidad interesada en un proyecto de esta envergadura.

BOINC es utilizado en muchos proyectos informáticos voluntarios, muchos de los cuales están asociados a investigaciones científicas, públicas y/o privadas, mayormente realizadas por y en universidades y laboratorios de investigación. Proyectos a los cuales, muchas veces cualquiera puede unirse para participar en cualquier momento.

Proyectos de Computación en Malla: Contenido

Proyectos de Computación en Malla

Folding@home

Folding@home es un Proyecto de Computación en Malla de Código Abierto centrado en la investigación de enfermedades. Por lo cual, hace uso de recursos informáticos distribuidos para encontrar las curas de las mismas. Su investigación se centra en el plegado de las proteínas. Dicho proyecto fue desarrollado y es operado por el Laboratorio Pande en la Universidad Stanford.

Ya que, las proteínas se ensamblan por sí mismas al plegarse sobre el cuerpo de las células, y cuando se pliegan mal, puede haber serias consecuencias para la salud de una persona. En resumen, se centra en la simulación de plegamiento proteico relevante a enfermedades y otras dinámicas moleculares.

Para dicho fin, el proyecto provee un programa multiplataforma (Windows, MacOS y Linux), llamado FAH. En el caso de Sistemas Operativos libres y abiertos, ofrece el programa mediante 3 archivos de instalación (en formato .deb y .rpm), y una facil Guía de instalación para aportar nuestros recursos informáticos disponibles para tan valioso aporte a favor de la humanidad.

FAH se construye a partir de varios instrumentos de código abierto, a saber, Gromacs (http://www.gromacs.org), TINKER (http://dasher.wustl.edu), y AMBER (http://ambermd.org/) para los paquetes MD y MPICH para el MPI (http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/). Si estás interesado en comprobar estos códigos, deberías sentirte libre de descargarlos y comprobarlos. Sitio web oficial – sección Faq – Opensource

Y por último, ahora Folding@home se ha unido para aportar su valiosa experiencia y conocimientos para contribuir en la lucha contra el COVID.-19. Y puede verse todo su aporte actual, en su sitio en GitHub.

Rosetta@home

Rosetta@home es un Proyecto de Computación en Malla de Código Abierto centrado en la predicción y/o determinación de las formas tridimensionales de las proteínas, para coadyuvar en las investigaciones enfocadas en lograr la cura de algunas de las principales enfermedades humanas. Dicho proyecto forma parte del BOINC.

Creemos que estamos acercándonos cada vez más a predecir con exactitud y a diseñar las estructuras y los complejos proteínicos, uno de los huesos santos de la biología informática. Pero para poder demostrar esto, necesitamos de una inmensa cantidad de recursos informáticos, una cantidad mayor que la que pueden ofrecer los más grandes super computadores del mundo. Esto es solo posible a través de un esfuerzo conjunto de voluntarios como usted. Sitio web oficial – sección ¿Qué es Rosetta@home?

En cuanto, a la lucha contra el COVID-19, Rosetta@home ha sido usado ya para ayudar a predecir con precisión la estructura a escala atómica de una importante proteína del Coronavirus 19, semanas antes de que pudiera ser medida en el laboratorio. Mientras que ahora, el conocimiento obtenido del estudio de esta proteína viral se está utilizando ahora para guiar el diseño de nuevas vacunas y drogas antivirales.

Para ver, obtener, instalar y unirse a este valioso esfuerzo de BOINC y Rosetta@home, se puede acceder a los siguientes enlaces: Código fuente y Guía de Instalación y uso.

Imagen generica para conclusiones de artículos

Conclusión

Esperamos que esta pequeña y útil publicación sobre estos 2 proyectos de «Computación en malla» creados para apoyar las labores de creación de soluciones contra enfermedades, y ahora contra la pandemia actual del año 2020, es decir, la «Pandemia del COVID-19 (Coronavirus 19)», los cuales son «Folding@home y Rosetta@home», sea de mucho interés y utilidad, para toda la «Comunidad de Software Libre y Código Abierto» y de gran contribución a la difusión del maravilloso, gigantesco y creciente ecosistema de aplicaciones de «GNU/Linux».

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