Projets de calcul maillé avec logiciel libre contre COVID-19

Comme beaucoup d'entre vous le savent déjà, il existe actuellement de nombreux Projets de calcul de maillage, dont certains sont basés sur Logiciel libre et open source. Et dont beaucoup ont des buts scientifiques, notamment médicaux, tels que Pliage à la maison y Rosetta à la maison.

Donc, pendant longtemps, la plupart des Projets de Grid Computing, c'est-à-dire ceux qui utilisent des ressources informatiques organisationnelles, publiques ou privées, et le Projets informatiques volontaires, c'est-à-dire ceux qui utilisent des appareils de consommation de masse quotidiens, tirent parti de l'utilisation d'applications virtualisées, parallèles et basées sur GPU, principalement dans bénéfice de l'humanité.

Par exemple et à titre de référence, on peut citer un bien connu Initiative Open Source Mesh Computing, dont nous avons publié il y a plus de 6 mois, intitulé BOINC, dont nous écrivons et ce qui suit mérite d'être cité:

"BOINC est un logiciel créé, hébergé et sponsorisé par l'Université de Californie à Berkeley depuis 2002, avec un financement principalement de la US National Science Foundation. Donc votre site officiel est hébergé sur votre domaine. Ce qui a permis au logiciel, à son code source, à sa documentation et à son développement d'être accessibles à toute la communauté intéressée par un projet de cette ampleur. ».

"BOINC est utilisé dans de nombreux projets informatiques volontaires, dont beaucoup sont associés à la recherche scientifique, publique et / ou privée, principalement menée par et dans des universités et des laboratoires de recherche. Projets auxquels, plusieurs fois, tout le monde peut adhérer pour participer à tout moment ».

Projets de calcul de maillage

Pliage à la maison

Pliage à la maison est un Projet de calcul de maillage Open Source axé sur la recherche sur les maladies. Par conséquent, il utilise des ressources informatiques distribuées pour trouver leurs remèdes. Ses recherches portent sur le repliement des protéines. Ce projet a été développé et est géré par le Laboratoire Pande dans la Université de Stanford.

Depuis, les protéines s'assemblent en se repliant sur le corps des cellules, et lorsqu'elles sont mal repliées, il peut y avoir de graves conséquences pour la santé d'une personne. En bref, il se concentre sur simulation de repliement des protéines pertinentes pour la maladie et d'autres dynamiques moléculaires.

À cette fin, le projet fournit un programme multiplateforme (Windows, MacOS et Linux), Llamado FAH. Dans le cas de systèmes d'exploitation libres et ouverts, il propose le programme via 3 fichiers d'installation (au format .deb et .rpm), et un simple Guide d'installation d'apporter nos ressources informatiques disponibles pour une contribution aussi précieuse en faveur de l'humanité.

"FAH est construit à partir de plusieurs instruments open source, à savoir Gromacs (http://www.gromacs.org), TINKER (http://dasher.wustl.edu) et AMBER (http: // ambermd. Org /) pour le Packages MD et MPICH pour le MPI (http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/). Si vous souhaitez vérifier ces codes, n'hésitez pas à les télécharger et à les vérifier. ». Site officiel - section FAQ - OpenSource

Et enfin maintenant Pliage à la maison s'est réunie pour apporter sa précieuse expérience et ses connaissances afin de contribuer à la lutte contre COVID.-19. Et vous pouvez voir toute votre contribution actuelle, sur votre site à GitHub.

Rosetta à la maison

Rosetta à la maison est un Projet de calcul de maillage Open Source axé sur la prédiction et / ou la détermination de formes tridimensionnelles de protéines, pour aider à la recherche axée sur la guérison de certaines des principales maladies humaines. Ce projet fait partie du BOINC.

"Nous pensons que nous nous rapprochons de plus en plus de la prévision et de la conception précises de complexes et de structures protéiques, l'un des os sacrés de la biologie informatique. Mais pour le démontrer, nous avons besoin d'une immense quantité de ressources informatiques, une quantité supérieure à ce que les plus grands supercalculateurs du monde peuvent offrir. Cela n'est possible que grâce à un effort conjoint de bénévoles comme vous. ». Site officiel - section Ce qui est Rosetta à la maison?

Se référant à lutter contre COVID-19, Rosetta à la maison a déjà été utilisé pour aider à prédire avec précision la structure à l'échelle atomique d'une protéine importante dans le Coronavirus19semaines avant qu'il ne puisse être mesuré en laboratoire. Alors que maintenant, les connaissances acquises en étudiant cette protéine virale sont maintenant utilisées pour guider le conception de nouveaux vaccins et antiviraux.

Pour afficher, obtenir, installer et rejoindre cet effort précieux de BOINC y Rosetta à la maison, vous pouvez accéder aux liens suivants: Code source y Guide d'installation et d'utilisation.

Conclusion

Nous espérons que "petit message utile » à propos de ces 2 projets «Computación en malla» créé pour soutenir les efforts de création de solutions contre les maladies, et maintenant contre pandémie courant de année 2020, c'est le «Pandemia del COVID-19 (Coronavirus 19)», lesquels sont «Folding@home y Rosetta@home», est d'un grand intérêt et d'une grande utilité, pour l'ensemble «Comunidad de Software Libre y Código Abierto» et d'une grande contribution à la diffusion de l'écosystème merveilleux, gigantesque et croissant d'applications de «GNU/Linux».

Et pour plus d'informations, n'hésitez pas toujours à visiter Bibliothèque en ligne comme OpenBalance y Jedit pour lire livres (PDF) sur ce sujet ou sur d'autres domaines de connaissances. Pour l'instant, si vous avez aimé ça «publicación», n'arrêtez pas de le partager avec les autres, dans votre Sites Web, chaînes, groupes ou communautés favoris des réseaux sociaux, de préférence gratuits et ouverts au Mastodonte, ou sécurisé et privé comme Telegram.

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