FFmpeg já inclui suporte para WebM

Uma nova versão de ffmpeg, as poderosas bibliotecas para gravação, conversão e streaming de áudio e vídeo, apresentando melhorias importantes, incluindo suporte para novos padrões de vídeo.

FFmpeg 0.6 já fornece suporte para VP8 / WebM (por meio da biblioteca libvpx) e melhora significativamente o suporte para reprodução de vídeo H.264.

En ffmpeg.org afirma que "Os decodificadores H.264 e Theora estão agora visivelmente mais rápidos e o decodificador Vorbis também teve grandes atualizações."

Por último, existem muitas melhorias que afetam os codecs FLAC, Ogg FLAC e Ogg Speex, bem como algum trabalho árduo no otimização de desenvolvimento para plataformas ARM -fato de especial importância para usuários de dispositivos móveis.

Ainda não sabe como usar o ffmpeg? Estes excelentes Tutoriales eles podem interessar a você.